秘仏となった経緯

天文15年（1546年）10月28日
細川玄蕃と山本修理が大雲寺を舞台とした合戦を展開し、大雲寺の本堂伽藍は灰燼と化す。
この折りに本尊十一面観音は化仏１１面（頭頂部分）を焼損する。
御本尊は暫くの間、智光房に待避させ仮安置する。

天文20年（1551年）3月2日
三好長慶が二万の兵で岩倉を攻め、大雲寺・一山寺院・石座神社・一般家屋が灰燼と化す。
御本尊は鞍馬寺へ待避させた。（天文22年大雲寺が再興され本尊を大雲寺に還す）

永禄3年（1560年）11月18日
【秘仏となる】
正親町天皇（おおぎまちてんのう）の勅（みことのり）により、本尊十一面観音を禁封して、明学房永源が勅封を貼る。